Henning Ehlert studierte nach erstem Instrumentalunterricht ab 2001 zunächst Orchesterdirigieren und Klavier an der HMT Rostock und wechselte 2004 in die Dirigierklasse von Prof. Christian Ehwald an die HfM »Hanns Eisler« Berlin (Abschluss 2008). 2005 wurde er in das Förderprogramm des Deutschen Musikrats (Dirigentenforum) aufgenommen und absolvierte Meisterkurse u. a. bei Gunther Kahlert, Peter Gülke, Roland Seiffahrt und Reinhard Goebel. 2007 war er aktiver Teilnehmer der Dirigentenwerkstatt »Interaktion« der HfM Berlin.

In den Spielzeiten 2007/2008 bis 2015/2016 war er fest am Theater Vorpommern engagiert, zunächst als Studienleiter mit Dirigierverpflichtung und ab 2014/2015 zusätzlich als Kapellmeister und Assistent des GMD. Er leitete eigene Musiktheaterproduktionen und Ballette wie » Der Bettelstudent«, »Der Nussknacker« und dirigierte Aufführungen u. a. von »Lohengrin«, »Rosenkavalier", »Der Freischütz«, »Die Fledermaus«, »Don Giovanni«, »Rigoletto« und »Hänsel und Gretel«. Daneben war er 2012–2016 musikalischer Leiter des Salonorchesters »Blauer Pavillon« und 2011–2013 Chefdirigent des Freien StudentenOrchesters Rostock.

Er arbeitete u. a. mit den Berliner Symphonikern, den Brandenburger Symphonikern, dem Orchester der Musikalischen Komödie Leipzig und wurde 2019 an die renommierte Korea National Opera Seoul eingeladen, wo er das Korea Symphony Orchestra dirigierte. Seit der Spielzeit 2016/2017 ist er 1. Kapellmeister, in der Saison 2021/22 auch stellvertretender Generalmusikdirektor am TN LOS!